Originile mărțișorului nu sunt cunoscute exact, dar prezența sa, atât la români cât și la bulgari (sub numele de Martenița), este considerată ca fiind datorată substratului comun daco-tracic, anterior romanizării, la primii, și slavizării, la ultimii, deși legendele populare îi dau alte origini.

În mitologia modernă a bulgarilor mărțișorul ar fi legat de întemeierea primului lor hanat la Dunăre, în anul 681, dar numele latin indică altceva.

Se mai consideră, de asemenea, că sărbătoarea mărțișorului a apărut pe vremea Imperiului Roman, când Anul Nou era sărbătorit în prima zi a primăverii, în luna lui Marte.

Se pare că ”Martzisor” este un declin derivat din „Marte”, numele lunii care marchează începutul primăverii. România și nordul Bulgariei, în prezent, erau renumite pentru iernile lor foarte stricte. Mulți oameni mureau, din cauza diverselor boli, în sezonul rece. Pentru a fi protejați de spiritul lui Zamolxe , dacii au purtat, pe haine, un animal sau un simbol floral, în primele zile ale Anului Nou, ca semn de recunoaștere pentru faptul că erau încă acolo și în viață.

Astfel, au sculptat din lemn sau piatră un mic simbol ales protector, apoi l-au decorat cu un fir roșu și altul alb, roșul simbolizând sângele celor dispăruți în timpul iernii, iar albul simbolizând rigile igei zăpezii, rece, gheață, responsabil pentru moartea celor dragi.

Cercetări arheologice efectuate în România, la Schela Cladovei, au scos la iveală amulete asemănătoare cu mărțișorul datând de acum cca. 8.000 de ani. Amuletele formate din pietricele vopsite în alb și roșu erau purtate la gât. Documentar, mărțișorul a fost atestat pentru prima oară într-o lucrare de-a lui Iordache Golescu. Folcloristul Simion Florea Marian presupune că în Moldova și Bucovina mărțișorul era compus dintr-o monedă de aur sau de argint, prinsă cu ață albă-roșie, și era purtat de copii în jurul gâtului.